No soy un experto pero por mi experiencia con Symfony te puedo decir:
1.- ¿Cual es la mejor opción para desarrollar con symfony (desarrollo mis proyectos usando un IDE o con el symfony "solito")?
Siempre es bueno usar un IDE un editor de texto como notepad++. Mi recomendacion netbeans 6.5 en adelante... como dices a partir de la 6.8 netbeans tiene soporte para comenzar proyectos con symfony(Excelente para los que les da problemas la intalacion de Symfony)... Hay que recordar que netbeans realizo una encuesta sobre cual framework php deberia dar soporte entre los que estaban Symfony, CakePHP, Zend, Codeigniter etc... Dando como ganador Symfony por el apoyo de la comunidad.
2.- ¿Que ventajas tengo al desarrollar con symfony usando un IDE como Netbeans?
Autocompletado no solo de la sintaxis de PHP sino de las clases PHP que tengas dentro de tu proyecto y del include_path de netabeans .... marcado de error de PHP , javasript, yml, xml , ini etc. , la nueva opcion en el menu File - New project - PHP - Symfony framework y muchas cosas mas.
3.- ¿Los IDE como Netbeans realmente dan un soporte completo para symfony (tienen soporte para las ultimas versiones de symfony)?
Soporte completo digamos que no... ya que dar soporte completo estariamos hablando de dar soporte a los plugins, los componentes symfony etc....
En cuanto estar actualizados con la ultima versión si... veras en este video como configuras netbeans para que apunte al directorio de symfony... ya queda en ti que ese directorio se mantenga actualizado.
http://www.symfony.es/2009/11/04/screencast-del-soporte-de-symfony-en-netbeans-6-8/4.- ¿Me estaré perdiendo de alguna característica innovadora de symfony por estar usando un IDE como Netbeans o Eclipse?
Realmente no... de no poder hacer algo desde el IDE lo podras hacer desde la consola. Pero creo que lo que mas utilizamos los desarrolladores Symfony es 'symfony clear:cache' y vaya que es facil limpiar la cache con Netbeans.
5.- ¿Es mejor desarrollar directamente "tirando comandos" en symfony o me busco una ayudita extra con un IDE?, ¿Cuales son los pro y los contra de las dos opciones que doy en esta ultima pregunta?
Preguntale a un administrador de cualquier sistema si le gusta mas hacer las cosas por consola o por algun Ayudante.... creo que la mayoria te dira 'Por consola'... imaginate que quieras solamente regenerar el modelo y tengas que abrir netbeans solo para ejecutar ese comando... lo mejor es familiarizarse con los comandos symfony que no son muchos....
Saludos.