La respuesta es, NO es obligatorio usar Javascript, puedes hacer el sistema solo con PHP, aunque agregar JS cuando se trata de aplicaciones, siempre mejor la experiencia del usuario. Con respecto a la otra pregunta, puedes preguntarle a usuario la cantidad de productos a facturar, y creas el formulario con este dato, o también puede generara campos dinámicos con JS.

si, estoy trabajando en una base de datos en MySQL y pues gracias por aclararme la diferencia principal entre javascript y php, ya llevo diseñado los modulos de manejo de clientes proveedores y unos cuantos reportes trabajando con fpdf, pero el problema es la factura, voy a tomar el consejo de pedir la cantidad de productos y acorde a eso crear una tabla dinámica. Cualquier otro consejo estaré pendiente, gracias!