Creo que quieres hacer algo como esto:

http://www.eprg.org/pdfcorner/embed.php

Si te fijas en el codigo que muestra el PDF asi:

<center>
    <embed height="300" width="480" href="/pdfcorner/example.pdf" src="/pdfcorner  /example.pdf"/>
    <br/>
    <i>Figure 1. An embedded PDF file</i>
</center>

Lo que tienes es que mediante javascript cambiar el innetHTML de el tag center o cambiar los atributos href y src del tag embed.


Te recomiendo jQuery para realizar esto...

$('center').html('
<embed height="300" width="480" href="/otro.pdf" src="/otro.pdf"/>
    <br/>
    <i>Figure 1. An embedded PDF file</i>
')

$('embed').attr({
               src : '/otro.pdf',
               href : '/otro.pdf'
})

Espero te de una idea de como hacerlo.

Saludos.

Si exacto debes tener el pdf reader instalado en la maquina y habilitarlo en el nevagador aunque eso hoy es como no tener javascript o los css habilitados.

Y como dice Alexander el mismo navegador mostrara un mensaje para descargar el adobe reader.

En cuanto a lo de flash, creo que si hay una forma de ver los pdf pero quedamos en la misma si no tienes flash instalado no podras visualizarlo.

Saludos.