A ver... pues les cuento hasta donde he hecho y he averiguado... existe primero una compañia llamada creditcard que este se encarga de hacer cobros de tarjetas de credito, el sistema es que uno envia via hyperterminal de windows (como enviar un fax) un archivo de texto con los datos de las transacciones a realizar tarjetas y montos y demas... y ellos en 48 horas te envian el resultado de la transaccion, te informa cuales fueron cobradas y las que no, por que, es un sistema eficiente para empresas que no necesiten los cobros de inmediato, ya que el informe del cobro te llega en 2 dias, entonces eso complica algo las cosas... una vez realize un script en php que me generaba el archivo de texto y me leia el de la respuesta y me lo interpretaba... ese script ya no lo tengo, pero era realmente sencillo...
Lo otro es usar la pasarela de pago del mercantil.. pues este rollo jamas lo he probado, pero segun se ellos te dan casi todo, practicamente todo el script solo para que lo adaptes a tu sistema, solo requiere que la transaccion sea via https