Si funciona

cortando la imagen mal
<?php
set_time_limit(0);
ini_set("memory_limit","2000M");
$src = imagecreatefromgif('mapa/img1,1.gif');
$dest = imagecreatetruecolor(6000, 6000);
imagecopy($dest, $src, 0, 0, 0, 0, 640, 640);
header('Content-Type: image/gif');
ob_start();
imagegif($dest);
$jpg = ob_get_contents();
file_put_contents('mapa/mapapapap.gif',$jpg);
ob_end_clean();
//iniciar for
$src = imagecreatefromgif('mapa/img1,2.gif');
$dest = imagecreatefromgif('mapa/mapapapap.gif');
imagecopy($dest, $src, 0, 0, 640, 640, 640, 640);
header('Content-Type: image/gif');
ob_start();
imagegif($dest);
$jpg = ob_get_contents();
file_put_contents('mapa/mapapapap.gif',$jpg);
ob_end_clean();
//terminar for
?>