Todos conocemos las bondades del Phpmyadmin http://www.phpmyadmin.net/, pero también hay otras opciones como por ejemplo el SQL Buddy http://www.sqlbuddy.com/ según el/los autor(es) resulta intuitivo su uso además de que también es Open Source, vale la pena probarlo.

SQLBuddy lo usé un tiempo porque me gusta la interfaz (que le da 10 patadas a la de phpmadmin), y el uso de ajax que reduce mucho el tiempo de uso. Pero aun le faltan muchas cosas.